La ville de Boukhara fait partie de l'empire Kusana avant d'être intégrée à l'État des Huns Hephtalites (IVe s.). Les Saka (Scythes) avaient auparavant habité la région.

Principal centre culturel du caliphat de Bagdad (709) après la conquête arabe, Boukhara devient la capitale du royaume iranien des Samanides (892 999). Sa prospérité économique et culturelle, accompagnée d'une croissance urbaine, se maintient sous le règne des Turcs Karakhanides (XIe XIIe s.).

La ville est mise à sac et incendiée par les hordes de Gengis Khan (1220); de nouvelles invasions mongoles s'ensuivront (1273 et 1316). Intégrée à l'empire des Timurides en 1370, on y élève des chefs d'oeuvre d'architecture. Lors des luttes féodales de la fin du XVe siècle, elle connaît un déclin.

Au XVIe siècle, les Uzbecks Shaybanides fondent le khanat de Boukhara. Capitale et centre du nouvel État, la ville de Boukhara est à son apogée. Sa prospérité économique et culturelle entraîne une grande activité architecturale.

Victime des assauts de pays voisins, elle deviendra la capitale de la nouvelle dynastie Manguite (1753) qui règnera jusqu'en 1920. Le rûle commercial de Boukhara est promordial en Asie centrale.